Không phải tất cả các nhánh sông của Amazon xuất hiện lũ cùng thời điểm trong một năm. Nhiều nhánh bắt đầu lũ vào tháng 11 và có thể tiếp tục dâng cao cho đến tháng 6. Nước sông Rio Negro dâng lên bắt đầu trong tháng 2 hoặc 3 và bắt đầu rút trong tháng 6. Sông Madeira dâng và hạ trong 2 tháng sớm hơn hầu hết các nhánh sông khác của Amazon.

Độ sâu trung bình của Amazon giữa Manacapuru và Óbidos theo tính toán giữa 20 đến 26 mét (66 đến 85 ft). Tại Manacapuru, mực nước sông chỉ vào khoảng 24 mét (79 ft) trên mực nước biển. Hơn phân nửa nước của hạ nguồn Amazon trên sông Manacapuru nằm dưới mực nước biển.[9] Ở đoạn thấp nhất độ sâu trung bình của Amazon là 20 đến 50 mét (66 đến 164 ft), ở một số nơi có thể lên đến 100 mét (330 ft).[10]

Lũ hàng năm gây ra bởi sóng triều được gọi là "pororoca." Sóng xuất hiện vào cuối đông khi triều cao, khi đó Đại Tây Dương bao phủ vào trong sông. Sóng có thể cao đến 4 m và truyền sâu vào trong đất liền 13 km.[11]